火麻仁不仅是食物，也是药物，中医常用它来治疗顽固性的便秘。
火麻脂肪里含的挥发油，在肠中遇碱液后产生脂肪酸可润燥滑肠，故常用火麻仁来治疗大便燥结。火麻仁能刺激肠粘膜，使分泌增加，蠕动加快，并减少大肠吸收水分，故有泻下作用。李时珍在本草纲目中就提到：火麻仁味甘，性平，归脾、胃、补中益气，久服康健不老，神仙也，润肠通便。
在《本草思辨录》中有记载：“仲景麻仁丸证，是脾受胃强之累而约而不舒。于是脾不散精于肺，肺之降令亦失，肺与脾胃具困而便何能下。麻仁甘平滑利，柔中有刚，能入脾滋其阴津，化其燥气。”
火麻仁中含有亚麻酸成分，可有效抑制幽门螺旋杆菌活性，阻碍他们繁殖。此外，火麻仁油中含有丰富的麻仁球蛋白，能够转化为免疫球蛋白。免疫球蛋白是身体中的一种抗体，长期食用可起到杀灭病菌的目的。
而且火麻仁乙醇提取物具有抗炎作用，能明显抑制胃溃疡，同样也能治愈胃炎所引起的胃痛、胃胀、胃酸等症状。火麻油与蜂蜜完美搭配可起到三重杀菌养胃的作用，而且还可以润肠、促消化。
